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Puo' capitare che le applet java non vengono visualizzate se c'è Xgl attivo, invece se si utilizza Xorg tutto sembra funzionare. In questi casi provate a reinstallare X server. I pachetti sono Xorg-x11 e tutte le dipendenze e librerie necessarie, dopo reinstallate i driver nVidia o ATi se possedete una di queste due schede.